Kyrkan är delad i tre kyrkorum; "Storkyrkan", "Lillkyrkan" och ett litet kapell för mindre sammankomster kallat "Absiden" De föremål från gamla kyrkan som finns här är läktarbarriären som nu är placerad i "Storkyrkan". I den lilla kyrksalen "Lillkyrkan", hänger ett altarskåp från 1400-talet. Här finns också en dopfunt från 1600-talet, troligen från Michael Hacker verkstad i Skänninge. En äldre dopfunt från 1100-talet står placerad i "Absiden".
Högby är annars mest känd för Högbystenen som står på ödekyrkogården, norr om den nuvarande kyrkan. Då Högby kyrka byggdes införlivades också Västra Skrukeby församling i denna kyrka.