Skänninge blev under 1200-talet ett andligt centrum för hela Sverige, vilket närmast bevisas av det stora kyrkomötet 1248. Kyrkan började få ett större inflytande i landet och det var dags för en fastare bindning till påven i Rom.
Påvens sändebud, Kardinalbiskop Vilhelm av Sabina, besökte Skänninge där Birger jarl, ärkebiskopen med lydbiskopar, präster och andra stormän samlats. Vid detta möte togs viktiga beslut för Sveriges prästerskap, vilka kungjordes genom Vilhelm av Sabina.
Kyrkans män fick inte gifta sig. Ingångna förbindelser skulle upplösas och prästbarn fick inte längre ta arv efter fadern. Sveriges biskopar skulle också skaffa exemplar av katolska kyrkans gällande rättsregler, utgivna av Gregorius IX. Den betydande roll Skänninge spelat beror sannolikt på närheten till Bjälbo med dess framstående jarlaätt och stadens båda kloster.
Under slutet av 1200-talet immigrerade många tyskar till Sverige. Den ursprungliga kyrkan i Skänninge, Allhelgona, var inte god nog för dem. Därför byggdes en kyrka med stadskaraktär, efter tyskt mönster, bara ett stenkast från den gamla. Svenskfödda skänningebor gav den nya kyrkan benämningen "Garpekyrkan". Garpe var under medeltiden ett vanligt öknamn på tyskar.
Skänninge blev emellertid en betydande köpstad med invandrarnas hjälp. Olaus Magnus kallar Skänninge för "Götalands huvudstad" i sitt verk från 1500-talet. En överdrift men det ger ändå en aning om stadens forna betydelse.
Kyrkan hör i stilen till den nordtyska unggotiska gestaltningen.
Kyrkan äger en berömd orgel tillverkad 1772 av Lars Wahlberg och Anders Wollander. Altartavlan är en kopia av Heemskrercks berömda målning i Linköpings domkyrka.
Kyrkan innehar två dopfuntar — den äldre från omkring 1300 och den yngre från 1951. Här finns också ett stort antal intressanta epitafier från 1600- och 1700-talen och gravhällar från medeltiden.
I oktober 2017 gjordes en arkeologisk utgrävning utanför den södra kyrkväggen och det visade sig att man fann grunden av en tidigare kyrka som var byggd i kalksten och som då troligen borde vara en gårdskyrka från 1100-talet.
Här följer ett citat från Arkeologernas blogg där arkeolog Rikard Hedvall berättar om fyndet som gjorde att man även kunde konstatera att det funnits en tidigare träkyrka på platsen från 1000-talet.
"Fem minuter innan stängningsdags, den sista undersökningsdagen, rensades en uppstickande sten fram på kyrkogården. Det rörde sig om en gravsten från 1000-talet, alltså äldre än den nyfunna kalkstenskyrkan. Eftersom vi inte känner till att östgötarna kunde uppföra murade stenbyggnader förrän i början av 1100-talet, bör det ha funnits en träkyrka på platsen tidigare."
